První písemná zmínka o osadě Munice pochází z roku 1384.
Podle dochovaných písemných pramenů pochází název obce podle rodu Municů, jejichž rodové jméno bylo vytvořeno z původního staročeského výrazu muňa - člověk pomalejšího myšlení, naivní člověk.
V různých fázích historického vývoje se podoba osady měnila, v 18. století byly postaveny statky a domy na návsi, v téměř nezměněné podobě zůstaly zachovány dodnes. Jádro obce tvořila oválná náves, v jejímž středu byla kaplička a rybník. Na návsi byly dvě studny. Později byly za cestou k Zahájí postaveny další statky. Všechny budovy na návsi patří ke skvostům selského baroka a jsou památkově chráněny.
Od roku 1850 do roku 1867 Munice přináležely k obci Zliv.
Od roku 1867 až do roku 1967 byly samostatnou obcí.
Podle dochovaných archivních materiálů vlastnila obec v roce 1915 mnoho lesů a pozemků, hostinec, kovárnu a cihelnu. Starostou obce byl Václav Čejka, obecním sluhou byl Štěpán Mareš.
V roce 1926 bylo postaveno 5 domků v západní části obce, u cesty na kopec Hůrka.
Po roce 1948 také sedláky Munic postihla tzv.kolektivizace a byli nuceni vložit své pozemky, zvířata a další majetek do JZD.
14.6. 1964 přešla obec Munice do správy města Hluboká nad Vltavou a stala se jednou z jeho místních částí.
V sedmdesátých letech byl vystavěn areál kravína, který spravoval ŠZP Hluboká nad Vltavou.
V roce byla ve východní části obce zahájena výstavba montovaných domů pro zaměstnance ŠVP. Do domů se nastěhovaly rodiny z celé republiky. Výstavbou byla významně ovlivněna podoba obce.
V 80.letetech byla východní část obce rozparcelována a začaly na ní vyrůstat rekreační chaty.
Rok 1989 přinesl také do naší obce změny. Informace o nich najdete v rubrice Současnost.